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R包clusterProfiler如何安装成功(新手必看!)

 更新时间：2023年2月15日 09:35  点击：987 作者：育种数据分析之放飞自我

前言

里面有些坑，写篇博客介绍一下。

R包clusterProfiler是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。

看重点：正确的安装方式

官网：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

在R中运行下面命令，安装即可：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

1. 在CRAN中用install.packages()安装

install.packages("clusterProfile")

安装报错：

> install.packages("clusterProfile")
(因为‘lib'没有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘clusterProfile' is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
>

报错原因，因为clusterProfile不在CRAN中，所以不能通过install.packages进行安装。

2. 安装bioconductor报错

有时候，知道在bioconductor中，于是还是安装：

install.packages("bioconductor")

报错如下：

> install.packages("bioconductor")

(因为‘lib'没有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘bioconductor' is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

3. 正确而顺利的安装方法

3.1 安装最新版R

目前是4.2.1，因为R4.2之前的clusterProfiler有bug，kegg联网会报错，新版本没有问题了。

3.2 安装Rtools4.2

这是单机软件，地址：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools42/rtools.html

3.3 配置镜像

在Rstudio中，将下载镜像变为中国的，下载速度会快很多。

3.4 正式安装

在Rstudio中运行安装代码：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

这中间会安装许多依赖包，如果有某个包安装报错了，就单独安装那个包，安装成功后，在运行安装clusterProfiler的代码。

4. 配置建议

  • R最新版的R4.2.1
  • 安装Rtools（windows系统建议）
  • 安装路径不要有中文路径
  • 如果电脑用户名是中文的，建议新建一个英文用户名，然后登录安装
  • 配置镜像，提升安装速度

总结

到此这篇关于R包clusterProfiler如何安装成功的文章就介绍到这了,更多相关R包clusterProfiler安装成功内容请搜索猪先飞以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持猪先飞！

原文出处：https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/127528407

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