解决R语言中install_github中无法安装遇到的问题
首先,让我们来进入常规步骤
我安装的是recharts包,正常的写法呢,就是以下这个样子:
install.packages("devtools") #devtools::install_github("madlogos/recharts")
第一个问题:
然而对于今天的我来说,那就太天真了,首先踏入的第一个坑:
无法打开URL'http://yihui.name/xran/src/contrib/PACKAGES' Warning in install.packages : 从zip文件中抽取1时出了错
类似于无法访问的错误,第一步的解决办法,就是改变包的镜像。
在Tools->Global Options->packages->change->china Beijing.
如下图所示:
这可能是R新版本的默认设置为外国版本,之前的版本上没有遇到过类似镜像的问题,解决完这里,如果是稍微简单点的问题就可以被解决了,然而我的路才刚刚开始。
第二个问题:
要在https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/网站中下载rtools错误大概就是这么写的,具体我已经无法还原了,相信这个报错大家都能看懂,下载未被冻结或锁定的rtools,注意安装时要选择自动添加路径,不然还得手动添加,容易出错。这一步下来,正常的包都可以安装了。
第三个问题
错误为:
failed to receive handshake ssl/tls connection failed github
第一种方法:
始终无法访问github,查过许多资料,有一部分说是IE出了问题,在选项中一次勾选SSL之类的,然而我一开始没有找到这个地方,不过好像这个方法蛮简单,大家如果遇到类似问题可以去百度尝试一下,
第二种方法:
很可能是因为你的网络被设置而代理,或者是你有下载翻墙软件串改了你的internet设置,具体操作如下:打开IE浏览器,选择工具->internet选项->连接->局域网设置->点击自动设置(若勾选,则点为不勾选。若不勾选,则点为勾选),下面的LAN设置不要勾选
第三种方法:
打开git bash,输入下列代码
$ git config --global http.sslBackend "openssl" $ git config --global http.sslCAInfo c://program files//R//R-3.6.3//library//openssl//cacert.pem(此为R中cacert.pem的文件路径)
运行完之后退出,重新打开R,再执行安装命令
install.packages("devtools") devtools::install_github("madlogos/recharts")
就OK了。
补充:R安装xml2 (安装devtools)
安装devtools
今天看到了一个R上的一个包,似乎是要用到devtools。发现我linux电脑上的R并没有装devtools这个包。想着直接安装一下,没想到却意外频发。
R:R-4.0.0
devtools需要很多依赖包,用R自带的
install.packages("devtools")
可以很好地解决这些问题,但是发现安装失败。仔细检查后发现是安装xml2的时候出现了意外。
xml2这个包没有装上,导致了最终devtools没有安装成功。
安装xml2时报错:
Error : unable to load shared object '/home/Litedg/Programs/R-4.0.0/lib64/R/library/00LOCK-xml2/00new/xml2/libs/xml2.so': libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
开始以为是没有装libxml2、libxml2-devel。用yum装过了一下,发现只是版本有些旧,但还是有的。
然后发现在报错的最前面:
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/xml2_1.3.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 271876 bytes (265 KB)
==================================================
downloaded 265 KB
* installing *source* package 'xml2' ...
** package 'xml2' successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=-I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include/libxml2 -I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include
Using PKG_LIBS=-L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lxml2 -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lz -
L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -llzma -lpthread -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -liconv -
L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -licui18n -licuuc -licudata -lm -ldl
** libs
所以应该是由于调用了anaconda3下面的libxml2导致的原因。想在环境变量中将anaconda3给注释掉,但是会调到pymol下面,后来发现直接修改xml2安装包的configure就好了。
找到xml2的安装包。在报错的最后面会给出:
The downloaded source packages are in
'/tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages'
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning message:
In install.packages("xml2") :
installation of package 'xml2' had non-zero exit status
找到这个目录,解压:
cd /tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages tar -zxvf xml2_1.3.2.tar.gz
修改其中configure文件:
xml2-config --version >/dev/null 2>&1 if [ $? -eq 0 ]; then PKGCONFIG_CFLAGS=`xml2-config --cflags` PKGCONFIG_LIBS=`xml2-config --libs` # MacOS versions El Capitan and later ship a xml2-config which appends `xcrun # --show-sdk-path` to the xml2-config. So we remove it if it is present. # (https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2016-September/012046.html) if [ "$OS_TYPE" = "Darwin" ] && [ "$OS_VERSION" -gt "13" ] && [ "$OS_VERSION" -lt "17" ]; then PKGCONFIG_CFLAGS=`echo $PKGCONFIG_CFLAGS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"` PKGCONFIG_LIBS=`echo $PKGCONFIG_LIBS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"` fi # Fix a missing libxml2 directory on the requested include directory # https://github.com/r-lib/xml2/issues/296 if [ "${OS_TYPE}" = "Darwin" ] && echo "${PKGCONFIG_CFLAGS}" | grep -sq "/usr/include$"; then PKGCONFIG_CFLAGS="$PKGCONFIG_CFLAGS/libxml2" fi else pkg-config --version >/dev/null 2>&1 if [ $? -eq 0 ]; then PKGCONFIG_CFLAGS=`pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME` PKGCONFIG_LIBS=`pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME` fi fi
改成:
if [ $(command -v pkg-config) ]; then PKGCONFIG_CFLAGS=$(pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME) PKGCONFIG_LIBS=$(pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME) fi
即可。保存退出。
使用R CMD进行安装(在xml2目录下)
R CMD INSTALL ./
即可顺利安装xml2包。
其余的包使用
install.packages("devtools")
继续安装即可~
以上为个人经验,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持猪先飞。如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教。
相关文章
- 编译安装非常的简单了我们现在的php版本已经到了php7了,下文小编来为各位介绍一篇关于PHP7快速编译安装的步骤,希望文章能够帮助到各位。 一、安装必要一些依赖 yum...2016-11-25
- 这篇文章主要介绍了R语言作图:坐标轴的设置方式,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2021-05-06
- 这篇文章主要介绍了R语言删除指定变量或对象的操作方法,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2021-05-06
- 这篇文章主要介绍了Rstudio中安装package出现的问题及解决方案,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2021-05-06
- 这篇文章主要介绍了R语言基本画图函数与多图多线的用法,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2021-05-06
解决IDEA maven 项目修改代码不生效,mvn clean、install后才生效
这篇文章主要介绍了解决IDEA maven 项目修改代码不生效,mvn clean、install后才生效的问题,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2020-09-25- PHP-FPM我们相信各位用高版本的php经常使用到了,下面整理了一些关于PHP-FPM的笔记,有兴趣的可进来看看。 今天赶上了123System OPenVZ VPS全场半价的机会,购入了一...2016-11-25
安装和使用percona-toolkit来辅助操作MySQL的基本教程
一、percona-toolkit简介 percona-toolkit是一组高级命令行工具的集合,用来执行各种通过手工执行非常复杂和麻烦的mysql和系统任务,这些任务包括: 检查master和slave数据的一致性 有效地对记录进行归档 查找重复的索...2015-11-24Linux安装Pytorch1.8GPU(CUDA11.1)的实现
这篇文章主要介绍了Linux安装Pytorch1.8GPU(CUDA11.1)的实现,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧...2021-03-25- 这篇文章主要介绍了vscode安装git及项目开发过程,本文通过图文并茂的形式给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下...2021-05-19
- 这篇文章主要为大家详细介绍了Visual Studio 2015下载和安装图文教程,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们可以参考一下...2021-09-22
- 现在我们介绍一种在Node下检查简单错误的JS代码验证工具JSHint。 JSHint的具体介绍参考http://www.jshint.com/about/,说直白点儿,JSHint就是一个检查JS代码规范与否的工具,它可以用来检查任何(包括server端和client端...2014-05-31
Centos中彻底删除Mysql(rpm、yum安装的情况)
我用的centos6,mysql让我整出了各种问题,我想重装一个全新的mysql,yum remove mysql-server mysql之后再install并不能得到一个干净的mysql,原来的/etc/my.cnf依然没变,datadir里面的数据已没有任何变化,手动删除/etc/my.cn...2015-03-15Ubuntu20.04安装cuda10.1的步骤(图文教程)
这篇文章主要介绍了Ubuntu20.04安装cuda10.1的步骤(图文教程),文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧...2020-07-30- 这篇文章主要介绍了在PyCharm中安装PaddlePaddle的方法,本文给大家介绍的非常想详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下...2021-02-05
Postman安装与使用详细教程 附postman离线安装包
这篇文章主要介绍了Postman安装与使用详细教程 附postman离线安装包,本文给大家介绍的非常详细,对大家的学习或工作具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下...2021-03-05- 这篇文章主要介绍了R语言-将list转换为向量的操作,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2021-05-06
- 这篇文章主要介绍了linux服务器快速卸载安装node环境(简单上手),文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧...2021-02-22
- 这篇文章主要介绍了R语言-切换科学计数法和更换小数点位数的操作,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧...2021-05-06
- 这篇文章主要介绍了R语言创建矩阵的实现方法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友们下面随着小编来一起学习学习吧...2021-05-06